ברית מילה רפואית אינה סותרת את קיום המסורת העתיקה והקשר לתרבות היהודית. היא מקנה את אותם היתרונות המצויים בביצוע ההליך מלכתחילה, אלא שהיא מציעה רובד נוסף של בטיחות ושמירה על שלומו של התינוק בביצוע ההליך. אמנם מספר המקרים בהם שומעים על סיבוכים הינו לא גדול במיוחד, אך גם סיבוכים קטנים יחסים קורים במהלך בריתות וחלקם ניתן להשליך על אופן ביצוע ההליך.
בעוד שאת שאלת הכאב אליו חשוף התינוק ניתן להשאיר פתוחה כיוון שלכל אחד מן הצדדים עמדתו ודעתו שאיננה ניתנת להוכחה חד משמעית, ברית מילה רפואית מקנה יתרונות נוספים לשיכוך הכאב בביצוע ההליך שאין עליהם עוררין.
בהליך המסורתי נמצץ לא פעם הדם המוקז מן החיתוך בעזרת צינורית ע"י פיו של המוהל, דבר אשר חושף את התינוק לסכנת זיהום מעצם ביצועו. גם הבחירה לקיים את הברית בבית כנסת, בבית הרך הנולד או באולם אירועים עושה מראש פשרה על רמת הסטריליזציה וההיגיינה המצויות בשליטת מבצע ההליך.
אמנם כמו בכל הליך כירורגי אין דרך להבטיח אפס סכנה גם בבחירה בדרך הרפואית, אך בביצוע ברית מילה רפואית נעשה הכל על מנת למזער את התחום הלא ידוע ואת החשיפה לסכנותיו. קיום הברית בקליניקה סטרילית מקטין באופן משמעותי את הסכנה לזיהומים בלתי צפויים, וכן מאפשר נגישות לאמצעי שיכוך כאבים ולציוד הנדרש במקרה של סיבוך לא צפוי. כחלק מן הסטנדרט הרפואי מתבצע שימוש אך ורק בכלים כירורגיים סטריליים התואמים כל שלב ושלב בביצוע ההליך, ומאפשר לתינוק ולהוריו לעור את הברית באופן הבטוח ביותר ותחת ההבטחה שהוא מצוי בידיו של מי שיודע לטפל בכל מקרה אפשרי בו ניתן להיתקל במהלך הברית.